L'organisation des soins en Santé Mentale est très diversifiée, pour s'adapter aux besoins de la prise en charge thérapeutique des patients.
Le Pharmacien hospitalier s'inscrit dans cette organisation et intervient différemment suivant la structure de soins.
C'est là que s'appliquent toutes les missions hospitalières du Pharmacien. La dispensation des médicaments est fréquemment informatisée, et permet une coordination entre les différents professionnels. Le pharmacien a souvent peu de contact direct avec les patients hospitalisés.
Ce type de prise en charge est en général « sectorisé », et on rencontre fréquemment plusieurs sites d'hôpital de jour. La dispensation des traitements est la plupart du temps organisée par la Pharmacie de l'établissement. Dans certains cas, les patients se procurent leurs médicaments dans une officine de ville. Les infirmiers ont pour tâche d'aider et de surveiller la prise du traitement.
Des «ateliers du médicament» permettent de répondre aux patients et de les aider dans la compréhension et l'observance de leur traitement.
En général, le patient obtient et gère son traitement en dehors de cette structure d'hospitalisation.
ces structures ont pour objectif thérapeutique d'accompagner le patient vers la réinsertion. La dispensation des traitements est la plupart du temps organisée par la Pharmacie de l'établissement pour les centres de post cure et les appartements thérapeutiques mais par contre, dans les CATTP, les pharmaciens hospitaliers interviennent peu, si ce n'est pour des besoins d'information des patients. Les pharmaciens peuvent établir des liens avec les équipes soignantes et les pharmaciens officinaux pour faciliter l'éducation des patients et leur autonomie dans la gestion de leur traitement.
il a, entre autres fonctions, celles de «centre d’accueil, de consultation, d’évaluation et d’information». Les pharmaciens hospitaliers y sont impliqués ponctuellement pour répondre aux questions concernant les médicaments et proposer des réunions d'information ou des «ateliers du médicament» aux patients qui le souhaitent. Cette démarche permet aussi de faciliter les liens d'un réseau entre les pharmaciens de ville et les pharmaciens hospitaliers.
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